С детства Франсиско начал играть на священных барабанах сантерии — бата, позднее — на конгах (в составе ансамбля «Conjunto Bolero»). В 1952 году он переехал в Гавану, где выступал в программах кабаре Сан-Суси в качестве перкуссиониста. Там его услышала хореограф и этнограф Кэтрин Данхэм (темнокожая американка, изучавшая танцевальные традиции Карибского региона и Южной Америки) и пригласила работать вместе с её труппой в Италии на съёмках художественного фильма «Мамбо» (1954) — с Сильвией Мангано и Витторио Гассманом в главных ролях, под руководством режиссера Роберта Россена и продюсера Шелли Винтерса.
До 90-х годов он записал всего два собственных альбома. Первый — «Dance the Latin Way» — был записан в Калифорнии в 1962 году, второй альбом — «Hitting Hard» — вышел только в 1977 году. Помимо исполнительской деятельности он был преподавателем афрокубинской перкуссии на отделении этномузыковедения Университетского колледжа Лос-Анджелеса. В 1992 году Национальный Фонд развития искусств (Вашингтон) объявил его «национальным достоянием».
В 1993 году — после долгого перерыва — вышли два его альбома, записанных с собственной фольклорной группой — «Oriki Ara Oko» и «Oriza» (c традиционной музыкой сантерии). В 1995 году Франсиско снялся в посвященном ему документальном фильме Леса Бланка «Присяга барабанам» («Sworn to the Drum: Tribute to Francisco Aguabella»). До своей смерти, 7 мая 2010 года, музыкант успел записать альбомы «Agua de Cuba» (1998−99), «H2O» (1999), «Cubacan» и «Cantos a los Orishas» (2002) и «Ochimini» (2004).